上海大学计算机工程与科学学院始建于1988年，由上海工业大学计算机工程系和上海科学技术大学计算机科学系联合成立，学院是在钱伟长老校长亲切关怀下成立的上海市高校中第一所计算机学院，中国工程院院士、清华大学教授李三立为首任院长。1994年，随着新上海大学的诞生，原上海大学计算机应用系和原上海高等科学技术专科学校计算机应用系加入计算机学院，联合成立的计算机学院正式命名为上海大学计算机工程与科学学院。